| 届序 | 姓名 | 任 期 | 备 注 |
| 1 | 韩清泉 | 1912.06--1917.01 | 校长 |
| 2 | 钱崇润 | 1917.02--192l.10 | 校长 |
| 盛在衍 | 1921.11--1922.06 | 代理校长 |
| 3 | 李 定 | 1922.07--1925.01 | 代理校长、1923年为校长 |
| 吴 粹 | 1925.02--1926.02 | 代理校长 |
| 4 | 丁求真 | 1926.03--1927.07 | 校长 |
| 5 | 朱其辉 | 1927.08--1932.12 | 浙江省立医药专科学校校长 |
| 6 | 丁求真 | 1933.01--1934.06 | 校长 |
| 7 | 程 浩 | 1934.07--1935.01 | 校长 |
| 朱文治 | 1935.01--1935.02 | 临时代校长 |
| 8 | 王 佶 | 1935.02--1946.08 | 校长 |
| 9 | 陈宗棠 | 1946.09--1947.08 | 1947.6升格为浙江省立医学院任院长 |
| 10 | 蒋 鵾 | 1947.09--1949.05 | 院 长 |
| 黄鸣驹 | 1949.10--1951.10 | 院务委员会主任、行院长职务 |
| 11 | 洪式闾 | 1951.10--1955.04 | 浙江省卫生厅厅长兼院长 |
| 12 | 王仲侨 | 1956.05--1958.09 | 院长 |
| 13 | 郑 平 | 1960.02--1963.09 | 浙江省委常委、组织部长兼浙江医科大学校长 |
| 14 | 李兰炎 | 1964.03--1968.11 | 浙江省卫生厅厅长兼浙江医科大学校长 |
| 张庆三 | 1971.01--1977.07 | 浙医大革委会主任 |
| 刘亦夫 | 1977.07--1978.07 | 浙医大革委会主任 |
| 15 | 王耀亭 | 1978.07--1979.03 | 浙江省委组织部长兼浙江医科大学校长 |
| 16 | 王季午 | 1979.03--1984.01 | 校长、1984.1为名誉校长 |
| 17 | 郑 树 | 1984.01--1992.03 | 校长 |
| 18 | 郑 树 | 1992.03--1996.10 | 校长 |
| 19 | 陈昭典 | 1996.10--1998.09 | 校长、至1998年9月15日“四校”合并 |
| 20 | 陈宜张 | 1999.10--2003.11 | 浙江大学医学院院长 |
| 21 | 巴德年 | 2003.11--2009.10 | 浙江大学医学院院长 |
| 22 | 段树民 | 2009.09--2017.12 | 浙江大学医学部主任、院长 |
| 23 | 刘志红 | 2017.12--2023.12 | 浙江大学医学院长 |
