在浙江大学创世界一流大学总的目标下，浙大医学院积极推动向教学科研并重的研究型医学院转变，重视科研工作，加强学科建设。在学科水平、科研实力、队伍建设等各个方面取得了很大的成绩。
　　承担科研项目和科研经费持续增长。近年来，医学院共主持国家973、863、国家自然科学重点项目、国家杰出青年基金、国家攻关计划项目、国家支撑计划项目等数十项；其他国家、省部以上项目共500余项；获国家自然科学基金资助项目数从1998年的7项增加至2007年的74项。年科研经费总数从1998年的年经费不到500万元增加到2007年的12300多万元。
　　各类成果鉴定600余项，获得国家、部委、省和厅局级科研成果奖450多项，其中国家级奖项8项、浙江省科技进步一等奖20余项；共发表科研论文近万篇，其中SCI收录论文1500多篇。据中国科技信息研究所统计，2005年浙江大学医学门类发表SCI收录论文330篇，仅次于北京大学（398篇），列国内高校第二位。
　　医学院目前拥有国家重点学科4个：内科学（传染病）、外科学（普外科学）、肿瘤学、儿科学；国家重点培育学科3个：妇产科学、眼科学、病理学与病理生理学； 浙江省重点学科10个：外科学、肿瘤学、生理学、药理学、病理学、妇产科学、儿科学、内科学、口腔临床医学、免疫学。并拥有一批浙江省医学重点学科和浙江省中医药重点学科。
　　医学院现有国家重点实验室1个：传染病诊治国家重点实验室；拥有卫生部传染病重点实验室、卫生部多器官联合移植重点实验室、卫生部医学神经生物学重点实验室、国家药品监督局新药研究中心呼吸药物研究重点实验室、浙江省医学分子生物学重点实验室、浙江省生物电磁学重点实验室、浙江省器官移植重点实验室、浙江省女性生殖健康重点实验室、浙江省生物治疗重点实验室、浙江省医学分子影像学重点实验室等一批省部级以上重点实验室。
　　浙江大学医学院作为中国医学科学院浙江分院，设有眼科研究所、免疫学研究所、细胞生物学研究所、病理学与法医学研究所、社会医学和全科医学研究所、劳动卫生与环境卫生研究所、医学营养学与食品卫生研究所、传染病研究所、血液病研究所、肿瘤研究所、儿科研究所、外科研究所、心血管病研究所、脑医学研究所、急诊医学研究所、骨科研究所、妇产科学研究所、计划生育研究所、邵逸夫临床医学研究所、呼吸病研究所、微创研究所、医学分子影像学研究所等22个研究所
　　2004年开始，浙江大学医学院组织建设985二期国家实验室-医学技术与疾病防控创新平台。是浙江大学985建设项目五大平台之一。创新平台涵盖生物医学及其相关学科，并且与学校的多个重点学科交叉渗透。重点建设五个方向的专业研究实验室，包括：微环境、微生态、微生物病学与免疫学研究实验室；重要疾病基因与蛋白质组学研究实验室；生殖与遗传、干细胞组织工程实验室；移植医学与医疗技术研究实验室；行为医学、脑医学与神经精神疾病研究实验室。