医学院是国务院批准的首批具有博士、硕士学位授予权单位，现有博士点31个（覆盖15个二级学科），硕士点47个（覆盖29个二级学科），已有20多年培养科学学位研究生的历史。自1999年起，增加培养临床医学硕士专业学位研究生（MM）、临床医学博士专业学位研究生（MD）；2000年起增加培养口腔医学硕士专业学位研究生（SMM），同时培养公共管理硕士专业学位研究生（MPA）；2001年12月，成为全国首批公共卫生硕士专业学位（MPH）试点单位之一。2004年起试行非医学专业学士二次招收医学生，培养MD+PhD医学双博士学位学生。
到2003年12月，全院在岗的研究生导师420名，其中博士研究生导师108名，硕士研究生导师312名。
| 四校合并以来研究生规模发展情况 |
| 年份 |
研究生总招生数 |
毕业研究生人数 |
授予博士、硕士学位人数 |
| 1998年 |
159 |
83 |
16+97=113 |
| 1999年 |
244 |
68 |
27+126=153 |
| 2000年 |
311 |
96 |
24+105=129 |
| 2001年 |
374 |
112 |
30+179=209 |
| 2002年 |
395 |
287 |
62+299=361 |
| 2003年 |
435 |
230 |
60+344=404 |
| 2004年 |
459 |
373 |
116+374=490 |
| 2005年 |
478 |
359 |
121+409=530 |
| 2006年 |
469 |
547 |
119+572=691 |
临床医学博士后流动站覆盖临床医学所有学科，进站工作人数持续增加，目前在站工作15名，已出站4人。
在职人员申请学位工作在保证质量的前提下稳步发展。有100多人获得硕士学位，5人获得博士学位。
学院已有11篇博士学位论文被评为校级优秀博士学位论文，在2002年全国优秀博士学位论文评选中，我院的王青青博士在余海教授、曹雪涛教授的指导下，首次被评为“全国百篇优秀博士学位论文”作者。
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