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医学院共有7个系（部）：基础医学系；公共卫生系；临床医学一系；临床医学二系；临床医学三系；口腔医学系和护理系。
医学院的7个系承担了医学院基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、护理学等各个专业，包括五年制、七年制、八年制、ZDM班，硕士、博士及留学生、成人教育等各个培养层次的医学专业基础课程教学和人才培养任务。
我们培养学生以学风严谨，实践综合能力强，开拓创新潜力大等优点多次受到国内、外的教育和研究部门的赞誉。许多毕业生已成为国内外生物、医学学科的学术带头人或学术骨干。
医学院的教学改革工作不断发展，围绕创建21世纪基础医学课程教学模式，以培养高素质医学人才的教学目标，出版了许多高质量的教学专著。现已有5门国家级精品课程，6门省级精品课程。
学院积极稳妥地推进研究生培养机制改革。兼顾了不同学制、不同学位类型、不同学科研究生的培养特点，统筹和优化资源配置，基本建立了新型研究生培养和资助体系。
近年来，学院开展了对国外留学生的全英语医学本科教育。目前来自21个国家的留学生在院学习，严谨的学风、高质量的教材、现代化的教学手段以及良好的设备和学习环境不断吸引着更多的海外学医者。
学院的系部拥有雄厚的科学研究综合实力。近年来，医学院的系（部）的国家基金申报立项大幅增加，在杰出青年、重点项目、海外合作、自由申请、青年基金等项目的申报达数百项，批准率在20％以上。其他医学科研项目数每年也都持续增长。科研经费已经突破亿元大关。
SCI论文的量和质持续增长：每年发表的SCI论文有四百余篇，其中IF ≥ 5.0的论文达数十篇，已具备了在专业顶级期刊发表学术论文的能力。
医学院拥有一支强大的师资队伍，目前有中国科学院院士1人、工程院院士3人，“长江学者奖励计划”特聘教授3人，“求是特聘教授”3人，浙江省特级专家1人（蔡秀军），国家、省“151人才工程”60人。教授及正高职人员562人，副教授及副高职人员918人，博导146 人，硕导555人。
学院十分重视国际间医学的交流与合作，与许多国外知名医学院校已签订或续签了合作协议，每年邀请了数十位国外专家，举办学术讲座。积极开拓师生海外境外交流的渠道，开展教学专项培训等。派遣教师进行教学专项培训，开展学生互派交流项目极大地丰富了学生的国际化视野。
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