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科学研究工作突飞猛进,科技竞争力显著增强。2016年获科研总经费逾4.39亿元,在研的国家级科研项目887项,全年共发表SCI收录论文1758余篇。
    

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 在生物医学研究的若干领域获得重要成就,并校以来医学医学院共获得18项国家级技术发明和科技进步奖励。
    李兰娟院士主持的“人工肝支持系统治疗重型病毒性肝炎的研究”获1998年国家科技进步二等奖
  彭淑牖教授
主持的刮吸解法的建立与多功能手术解剖器研制2001年国家技术发明二等奖
  黄河教授
主持的非亲缘异基因骨髓移植临床研究2003年国家科技进步二等奖
  彭淑牖教授
主持的捆绑式胰肠吻合术的临床及实验研究” 2004年国家科技进步二等奖
  郑树教授
主持的我国大肠癌高危人群防治基础与临床应用研究” 2005年国家科技进步二等奖
  李兰娟院士主持的感染微生态学建立及应用研究2007年国家科技进步二等奖
  姚克教授主持的白内障发病的相关机制与防治研究2007年国家科技进步二等奖
  郑树森院士主持的肝移植技术创新体系的建立与推广应用2008年国家科技进步二等奖
  蔡秀军教授主持的腹腔镜技术在肝胆胰脾外科的临床研究及应用2009年国家科技进步二等奖
  
黄荷凤教授主持的提高出生人口质量的生殖技术创建、体系优化与临床推广应用2010年国家科技进步二等奖
  
谢幸教授主持的宫颈癌发病生物学特征研究及早期防治措施建立与应用2011年国家科技进步二等奖
  
金洁教授主持的急性髓细胞白血病生物学特征研究及化疗新方案的创建和推广应用2011年国家科技进步二等奖
  
王建安教授主持的心肌梗死后心肌组织修复和功能重建的机制研究和临床应用2012年国家科技进步二等奖
  
李兰娟院士主持的重症肝病的理论创新与技术突破2013年国家科技进步等奖
  
沈华浩教授主持的支气管哮喘分子发病机制及诊治新技术应用2013年国家科技进步二等奖

        陈江华教授主持的终末期肾病肾脏替代治疗关键技术创新与推广应用”获2014年国家科技进步二等奖

        郑树森教授为核心的浙江大学医学院附属第一医院终末期肝病综合诊治创新团队”获2015年国奖科技进步创新团队奖

        黄河教授主持的异基因造血干细胞移植关键技术创新与推广应用”获2015年国家科技进步二等奖